poly a polymérase dans des préparations de séquençage de nouvelle génération (ngs)

poly a polymérase(PAP) est une action enzymatique clé qui est responsable de l'ajout de la queue poly-A à l'extrémité 3' des molécules d'ARN. Cette activité joue un rôle significatif dans la stabilité globale, le transport et la traduction de l'ARN. Dans le cadre du NGS, cependant, le PAP permet l'ajout de l'oligo A aux échantillons d'ARN avant le séquençage afin que des données de haute qualité provenant de diverses sources d'ARN puissent être acquises.

L'importance de l'ajout de la queue poly A

Il y a de nombreux avantages liés à l'incorporation de la queue poly A à l'ARNm. Tout d'abord, une queue A aide à améliorer la stabilité des molécules d'ARN contre l'activité des ribonucléases par les exonucléases. Deuxièmement, la queue poly A joue un rôle dans l'initiation de la traduction en favorisant l'attachement des ribosomes à l'ARNm. Dans le cas des préparations NGS, l'ARNm avec queue poly A peut facilement être utilisé pour une analyse plus ciblée de l'expression génique ainsi que des variations de transcrits car ils peuvent être spécifiquement enrichis.

Préparation d'échantillons NGS

Les flux de travail NGS comprennent la préparation des échantillons d'ARN qui impliquent les étapes suivantes : transcription inverse, construction de cDNA et amplification. Il est également courant d'ajouter de la polymérase Poly A pendant la synthèse de cDNA afin d'inclure une queue poly-A dans les molécules de cDNA finales. Cette modification est critique pour l'amplification et le séquençage de la bibliothèque car elle augmente l'efficacité des étapes impliquées dans la préparation des bibliothèques.

Applications en RNA-Seq

La PAP est également très utile dans les applications de séquençage d'ARN (RNA-Seq) car elle permet un enrichissement plus efficace pour l'ARNm à queue poly A. Cela aide à capturer une image plus claire du transcriptome de l'organisme étudié. Ainsi, un tel renforcement peut aider à déterminer les gènes exprimés de manière différentielle, les événements d'épissage alternatif, ou même les ARN non codants. De plus, l'inclusion de la PAP dans les préparations NGS permet d'obtenir des données plus prometteuses.

Ajouter PAP dans les préparations NGS peut grandement améliorer la qualité et la précision des données de séquençage. Ce qui est plus important, à mesure que la recherche continue de progresser, l'importance de PAP pour permettre aux scientifiques d'explorer le transcriptome restera majeure.