Yeni nesil dizilim (ngs) preparatlarında poli bir polimeraz

poli bir polimeraz(PAP), RNA moleküllerinin 3' ucuna poly-A kuyruğu eklemekten sorumlu olan ana enzimatik eylemdir. Bu aktivite, RNA'nın genel stabilitesi, taşınması ve çevirisi üzerinde önemli bir rol oynamaktadır. Ancak NGS çerçevesinde, PAP, yüksek kaliteli verilerin çeşitli RNA kaynaklarından elde edilebilmesi için dizilemeden önce RNA örneklerine A oligonükleotidinin eklenmesine olanak tanır.

Poly A Kuyruğu Eklemenin Önemi

mRNA'ya poly A kuyruğu eklenmesinin birçok avantajı vardır. Öncelikle, A kuyruğu, RNA moleküllerinin ribonükleaz aktivitesine karşı stabilitesinin artırılmasına yardımcı olur. İkincisi, poly A kuyruğu, ribozomun mRNA'ya bağlanmasını teşvik ederek çeviri başlangıcında rol oynar. NGS hazırlıkları durumunda, poly A'lı mRNA, spesifik olarak zenginleştirilebildiğinden, transkript varyasyonları ile birlikte daha odaklanmış gen ekspresyon analizi için kolayca kullanılabilir.

 NGS Örnek Hazırlığı

NGS iş akışları, aşağıdaki adımları içeren RNA örneklerinin hazırlanmasını içerir: ters transkripsiyon, CDNA inşası ve amplifikasyon. Nihai cDNA moleküllerine bir poly-A kuyruğu eklemek için CDNA sentezi sırasında Poly A polimeraz eklemek de yaygındır. Bu modifikasyon, kütüphane amplifikasyonu ve dizileme için kritik öneme sahiptir çünkü kütüphanelerin hazırlanmasında yer alan adımların verimliliğini artırır.

RNA-Seq Uygulamaları

PAP, poly A kuyruklu mRNA için daha verimli zenginleştirme sağladığı için RNA dizileme (RNA-Seq) uygulamalarında da çok faydalıdır. Bu, incelenen organizmanın daha net bir transkriptom düzeyinde resmini yakalamaya yardımcı olur. Böylece, bu tür bir iyileştirme, farklı şekilde ifade edilen genlerin, alternatif ekleme olaylarının veya hatta kodlamayan RNA'ların belirlenmesine yardımcı olabilir. Ayrıca, NGS hazırlıklarında PAP'ın dahil edilmesi, daha umut verici verilerin elde edilmesini sağlar.

NGS hazırlıklarına PAP eklemek, dizileme verilerinin kalitesini ve doğruluğunu büyük ölçüde artırabilir. Daha da önemlisi, araştırmalar ilerledikçe, bilim insanlarının transkriptomu incelemelerine olanak tanıyan PAP'ın önemi büyük kalacaktır.