poly a polymerase sa mga paghahanda ng susunod na henerasyon ng sequencing (ngs)

poly a polymerase(PAP) ay isang pangunahing enzymatic na aksyon na responsable sa pagdaragdag ng poly-A tail sa 3’ dulo ng mga RNA na molekula. Ang aktibidad na ito ay may mahalagang papel sa kabuuang katatagan, transportasyon, at pagsasalin ng RNA. Sa loob ng balangkas ng NGS, gayunpaman, pinapayagan ng PAP ang pagdaragdag ng A oligo sa mga RNA sample bago ang sequencing upang makuha ang data na may mataas na kalidad mula sa iba't ibang pinagmulan ng RNA.

Ang Kahalagahan ng Pagdaragdag ng Poly A Tailing

Maraming mga bentahe ang nakalakip sa pagsasama ng poly A tail sa mRNA. Una sa lahat, ang A tail ay tumutulong sa pagpapabuti ng katatagan ng mga RNA na molekula laban sa aktibidad ng ribonuclease ng mga exonucleases. Pangalawa, ang poly A tail ay may papel na ginagampanan sa pagsisimula ng pagsasalin sa pamamagitan ng pagpapalakas ng pagkakabit ng ribosome sa mRNA. Sa kaso ng mga paghahanda ng NGS, ang poly A-tailed mRNA ay madaling magagamit para sa mas nakatuon na pagsusuri ng ekspresyon ng gene kasama ang mga pagbabago sa transcript dahil maaari silang tiyak na mapalakas.

Paghahanda ng NGS Sample

Ang mga workflow ng NGS ay kinabibilangan ng paghahanda ng mga RNA sample na may kasamang mga sumusunod na hakbang: reverse transcription, CDNA construction, at amplification. Karaniwan din na nagdadagdag ng Poly A polymerase sa panahon ng CDNA synthesis upang isama ang isang poly-A tail sa mga panghuling cDNA molecules. Ang pagbabago na ito ay kritikal sa library amplification at sequencing dahil pinapataas nito ang kahusayan ng mga hakbang na kasangkot sa paghahanda ng mga library.

Mga Aplikasyon sa RNA-Seq

Ang PAP ay napaka-kapaki-pakinabang din sa mga aplikasyon ng RNA sequencing (RNA-Seq) dahil pinapayagan nito ang mas mahusay na enrichment para sa poly A-tailed mRNA. Nakakatulong ito sa pagkuha ng mas malinaw na larawan ng transcriptome-level ng organismo na pinag-aaralan. Kaya, ang ganitong pagpapahusay ay makakatulong sa pagtukoy ng mga differentially expressed genes, alternative splicing events, o kahit na non-coding RNAs. Bukod dito, ang pagsasama ng PAP sa mga paghahanda ng NGS ay nagbibigay-daan sa mas promising na data na makuha.

Ang pagdaragdag ng PAP sa mga paghahanda ng NGS ay maaaring lubos na mapabuti ang kalidad at katumpakan ng mga datos ng sequencing. Ang mas mahalaga, habang patuloy na umuusad ang pananaliksik, ang kahalagahan ng PAP para sa pagpapahintulot sa mga siyentipiko na imbestigahan ang transcriptome ay mananatiling pangunahing.