Poly A Polymerase အား Next-Generation Sequencing (NGS) ပြင်ဆင်မှုတွင်သုံးပါသည်

poly a polymerase (PAP) သည် RNA မော်လီကျူးများ၏ 3’ အဆုံးသို့ poly-A tail ကို ထည့်သွင်းရန် တာဝန်ရှိသော အဓိက အင်ဇိုင်းဆောင်ရွက်မှုဖြစ်သည်။ ဤ လှုပ်ရှားမှုသည် RNA ၏ စုစုပေါင်း တည်ငြိမ်မှု၊ သယ်ယူပို့ဆောင်မှုနှင့် ဘာသာပြန်ခြင်းတွင် အရေးပါသော အခန်းကဏ္ဍရှိသည်။ NGS ၏ ဖွဲ့စည်းမှုအတွင်းတွင် PAP သည် sequencing မပြုလုပ်မီ RNA နမူနာများသို့ A oligo ကို ထည့်သွင်းရန် ခွင့်ပြုသည်၊ ထို့ကြောင့် အမျိုးမျိုးသော RNA အရင်းအမြစ်များမှ အရည်အသွေးမြင့် ဒေတာများကို ရရှိနိုင်သည်။

Poly A Tailing ထည့်သွင်းခြင်း၏ အရေးပါမှု

mRNA သို့ poly A tail ထည့်သွင်းခြင်းနှင့် ပတ်သက်၍ အကျိုးကျေးဇူးများစွာ ရှိသည်။ အရင်ဆုံး A tail သည် ribonuclease လှုပ်ရှားမှုကို exonucleases မှာ ဆန့်ကျင်ရန် RNA မော်လီကျူးများ၏ တည်ငြိမ်မှုကို တိုးတက်စေသည်။ ဒုတိယ၊ poly A tail သည် ribosome ၏ mRNA သို့ ချိတ်ဆက်မှုကို မြှင့်တင်ခြင်းအားဖြင့် ဘာသာပြန်ခြင်း စတင်မှုတွင် အခန်းကဏ္ဍရှိသည်။ NGS ပြင်ဆင်မှုများတွင် poly A-tailed mRNA သည် အထူးသဖြင့် အဓိပ္ပာယ်ရှိသော ဂျင်းထုတ်ဖော်မှု အကဲဖြတ်မှုနှင့် transcript အမျိုးအစားများအတွက် ပိုမို ဦးတည်စွာ အသုံးပြုနိုင်သည်။

NGS ตัวอย่างการเตรียมการ

NGS အလုပ်စဉ်များတွင် RNA နမူနာများကို ပြင်ဆင်ခြင်းအတွက် အောက်ပါအဆင့်များပါဝင်သည် - ပြန်လည်ရေးသားခြင်း၊ CDNA တည်ဆောက်ခြင်းနှင့် အားဖြည့်ခြင်း။ CDNA သမိုင်းရေးဆွဲခြင်းအတွင်း Poly A polymerase ကို ထည့်သွင်းခြင်းသည် နောက်ဆုံး cDNA မော်လီကျူးများတွင် poly-A tail ကို ထည့်သွင်းရန် အထူးသဖြင့် ရိုးရိုးဖြစ်သည်။ ဤပြင်ဆင်မှုသည် စာကြည့်တိုက်အားဖြည့်ခြင်းနှင့် အစဉ်အလာများကို စီမံခန့်ခွဲရန် အရေးကြီးသည်။

RNA-Seq တွင် အသုံးပြုမှုများ

PAP သည် RNA sequencing (RNA-Seq) အတွက် အထူးအသုံးဝင်သည်။ အကြောင်းက poly A-tailed mRNA အတွက် ပိုမိုထိရောက်သော enrichment ကို ခွင့်ပြုသည်။ ၎င်းသည် သုတေသနပြုနေသော အဖွဲ့အစည်း၏ transcriptome-level ပုံရိပ်ကို ပိုမိုရှင်းလင်းစွာ ဖမ်းယူရန် ကူညီသည်။ ထို့ကြောင့်၊ ဤကောင်းမွန်မှုသည် ကွဲပြားစွာ ထုတ်ဖော်ထားသော ဂျင်းများ၊ အခြား splicing ဖြစ်ရပ်များ သို့မဟုတ် မဟုတ်သော coding RNAs များကို သတ်မှတ်ရန် ကူညီနိုင်သည်။ ထို့အပြင် NGS ပြင်ဆင်မှုများတွင် PAP ကို ထည့်သွင်းခြင်းသည် ပိုမိုကောင်းမွန်သော ဒေတာများကို ရရှိရန် ခွင့်ပြုသည်။

NGS ပြင်ဆင်မှုများတွင် PAP ထည့်သွင်းခြင်းသည် စီကွင်းအချက်အလက်၏ အရည်အသွေးနှင့် တိကျမှုကို အထူးသဖြင့် တိုးတက်စေပါသည်။ အရေးကြီးသောအချက်မှာ သုတေသနများ ဆက်လက်တိုးတက်လာသည့်အခါ PAP ၏ အရေးပါမှုသည် သိပ္ပံပညာရှင်များကို transcriptome ကို စူးစိုက်စူးစိုက် လေ့လာရန် ခွင့်ပြုရန် အရေးကြီးနေပါလိမ့်မည်။