Poly a polymerase fil-preparazzjonijiet ta' sekwenzjar (ngs) tal-ġenerazzjoni li jmiss

poli a polimerase(PAP) huwa azzjoni enżimatika ewlenija li hija responsabbli għall-addizzjoni tal-poly-A tail għall-aħħar 3’ ta’ molekuli RNA. Din l-attività għandha rwol sinifikanti fil-istabbiltà ġenerali, it-trasport, u t-traduzzjoni ta’ RNA. Fil-kuntest ta’ NGS, madankollu, PAP jippermetti l-addizzjoni tal-A oligo għall-kampjuni RNA qabel is-sekwenzjar sabiex id-data ta’ kwalità għolja minn sorsi varji ta’ RNA jistgħu jiġu akkwistati.

L-Importanza tal-Addizzjoni tal-Poly A Tailing

Hemm ħafna vantaġġi marbuta mal-inkorporazzjoni tal-poly A tail għall-mRNA. L-ewwel nett, A tail jgħin fl-aħjarament tal-istabbiltà ta’ molekuli RNA kontra l-attività ta’ ribonukleasi minn exonukleasi. It-tieni, il-poly A tail għandu rwol li jplay fl-inizzjalizzazzjoni tat-traduzzjoni permezz tal-promozzjoni tal-attakk tar-ribosoma għall-mRNA. Fil-każ ta’ preparazzjonijiet NGS, mRNA bi poly A tail jista’ faċilment jintuża għal analiżi aktar iffokata tal-espressjoni tal-ġeni flimkien ma’ varjazzjonijiet ta’ transcript peress li jistgħu jiġu arrikkiti b’mod speċifiku.

Preparazzjoni tal-Kampjuni NGS

Il-flussi ta' NGS jinkludu l-preparazzjoni tal-kampjuni ta' RNA li jinkludu l-passi li ġejjin: traskrizzjoni reġressiva, kostruzzjoni ta' CDNA, u amplifikazzjoni. Huwa wkoll komuni li żżid Poly A polymerase waqt is-sintesi ta' CDNA sabiex tinkludi ġenb poly-A fil-molekuli finali ta' cDNA. Din il-modifika hija kritika għall-amplifikazzjoni tal-libreriji u s-sekwenzjar peress li żżid l-effiċjenza tal-passi involuti fil-preparazzjoni tal-libreriji.

Applikazzjonijiet f'RNA-Seq

PAP huwa wkoll ħafna utli fl-applikazzjonijiet ta' sekwenzjar ta' RNA (RNA-Seq) għax jippermetti arrikkiment aktar effiċjenti għal mRNA bi ġenb poly A. Dan jgħin biex jinqabad ritratt aktar ċar tal-livell ta' traskrizzjoni tal-organizmu taħt studju. Għalhekk, din it-titjib tista' tgħin biex tiddetermina ġeni espressi b'differenza, avvenimenti ta' splicing alternattivi, jew anke RNA mhux kodifikati. Barra minn hekk, l-inklużjoni ta' PAP fil-preparazzjonijiet ta' NGS tippermetti li jiġu ottenuti dejta aktar promettenti.

L-adding PAP fil-preparazzjonijiet NGS jista' jtejjeb ħafna l-kwalità u l-eżattezza tad-data ta' sequenzjar. Dak li hu aktar importanti, hekk kif ir-riċerka tkompli tiżviluppa, l-importanza tal-PAP biex jippermetti lill-iskjenti jinvestigaw it-transkriptom se tibqa' ewlenija.