Poly a polymerase dalam persiapan penurutan urutan generasi berikutnya (ngs)

poli a polimerase(PAP) adalah tindakan enzimatik kunci yang bertanggung jawab untuk menambahkan ekor poly-A ke ujung 3’ molekul RNA. Aktivitas ini memiliki peran signifikan dalam stabilitas keseluruhan, transportasi, dan translasi RNA. Dalam kerangka NGS, bagaimanapun, PAP memungkinkan penambahan oligo A ke sampel RNA sebelum pengurutan sehingga data berkualitas tinggi dari berbagai sumber RNA dapat diperoleh.

Signifikansi Menambahkan Ekor Poly A

Ada banyak keuntungan yang terkait dengan penggabungan ekor poly A ke mRNA. Pertama-tama, ekor A membantu meningkatkan stabilitas molekul RNA terhadap aktivitas ribonuklease oleh eksonuklease. Kedua, ekor poly A memiliki peran dalam inisiasi translasi melalui promosi keterikatan ribosom ke mRNA. Dalam kasus persiapan NGS, mRNA bertail poly A dapat dengan mudah digunakan untuk analisis ekspresi gen yang lebih terfokus bersama dengan variasi transkrip karena dapat diperkaya secara spesifik.

Persiapan Sampel NGS

Alur kerja NGS mencakup persiapan sampel RNA yang melibatkan langkah-langkah berikut: transkripsi balik, konstruksi CDNA, dan amplifikasi. Juga umum untuk menambahkan polimerase Poly A selama sintesis CDNA untuk menyertakan ekor poly-A dalam molekul cDNA akhir. Modifikasi ini sangat penting untuk amplifikasi dan pengurutan perpustakaan karena meningkatkan efisiensi langkah-langkah yang terlibat dalam persiapan perpustakaan.

Aplikasi dalam RNA-Seq

PAP juga sangat berguna dalam aplikasi pengurutan RNA (RNA-Seq) karena memungkinkan pengayaan yang lebih efisien untuk mRNA bertail poly A. Ini membantu dalam menangkap gambaran tingkat transkriptom yang lebih jelas dari organisme yang sedang dipelajari. Dengan demikian, peningkatan semacam itu dapat membantu dalam menentukan gen yang diekspresikan secara diferensial, peristiwa splicing alternatif, atau bahkan RNA non-koding. Selain itu, termasuk PAP dalam persiapan NGS memungkinkan data yang lebih menjanjikan untuk diperoleh.

Menambahkan PAP dalam persiapan NGS dapat sangat meningkatkan kualitas dan akurasi data pengurutan. Yang lebih penting, seiring kemajuan penelitian, pentingnya PAP untuk memungkinkan ilmuwan menyelidiki transkriptom akan tetap menjadi hal yang utama.