EN
AR
BG
CS
NL
FR
DE
EL
HI
IT
JA
KO
PL
PT
RO
RU
ES
SV
TL
IW
ID
SL
UK
VI
ET
HU
MT
TH
TR
FA
AF
MS
GA
AZ
UR
BN
MN
MY
UZ
KU
polüa-polümeeraas järgmise põlvkonna seerendi (ngs) valmististes
polüa-polümeeraas(PAP) on peamine ensümaatilise tegevuse, mis vastutab polü-A saba lisamise eest RNA molekulide 3’ otsa. See tegevus mängib olulist rolli RNA üldises stabiilsuses, transportimises ja tõlkes. NGS raames võimaldab PAP siiski A oligo lisamist RNA proovidele enne järjestamist, et saaks hankida kõrge kvaliteediga andmeid erinevatest RNA allikatest.
Polü A saba lisamise tähtsus
Polü A saba lisamisel mRNA-le on palju eeliseid. Esiteks aitab A saba suurendada RNA molekulide stabiilsust ribonukleaasi aktiivsuse vastu eksonukleaaside poolt. Teiseks mängib polü A saba rolli tõlke alguses, edendades ribosoomi kinnitumist mRNA-le. NGS ettevalmistuste puhul saab polü A sabaga mRNA-d hõlpsasti kasutada suunatud geeniekspressiooni analüüsiks koos transkripti variatsioonidega, kuna neid saab spetsiaalselt rikastada.
NGS proovide ettevalmistamine
NGS töövood hõlmavad RNA proovide ettevalmistamist, mis sisaldab järgmisi samme: pöördtranskriptsioon, cDNA konstruktsioon ja amplifikatsioon. Samuti on tavaline lisada polü A polümeraasi cDNA sünteesi ajal, et hõlmata polü-A saba lõplikus cDNA molekulis. See modifikatsioon on kriitilise tähtsusega raamatukogu amplifikatsiooni ja järjestamise jaoks, kuna see suurendab raamatukogude ettevalmistamise etappide efektiivsust.
Rakendused RNA-Seq-is
PAP on samuti väga kasulik RNA järjestamise (RNA-Seq) rakendustes, kuna see võimaldab tõhusamat rikastamist polü A-saba mRNA jaoks. See aitab saada selgemat transkriptoomi tasandi pilti uuritavast organismist. Seega võib selline täiustamine aidata määrata erinevalt ekspresseeritud geene, alternatiivseid splaissimise sündmusi või isegi mitte kodeerivaid RNA-sid. Lisaks võimaldab PAP-i lisamine NGS ettevalmistustes saada lubavamaid andmeid.
PAP-i lisamine NGS-i ettevalmistustes võib oluliselt parandada järjestamise andmete kvaliteeti ja täpsust. Mis veelgi olulisem, kuna teadusuuringud jätkuvad, jääb PAP-i tähtsus teadlastele transkriptoomi uurimise võimaldamisel suureks.