poly a polymeráza v přípravcích sekvence nové generace (ngs)

poly a polymeráza(PAP) je klíčová enzymatická činnost, která je zodpovědná za přidání poly-A ocasu na 3’ konec RNA molekul. Tato aktivita má významnou roli v celkové stabilitě, transportu a překladu RNA. V rámci NGS však PAP umožňuje přidání A oligonukleotidu k RNA vzorkům před sekvenováním, aby bylo možné získat data vysoké kvality z různých RNA zdrojů.

Význam přidání poly A ocasu

Existuje mnoho výhod spojených s incorporací poly A ocasu do mRNA. Především A ocas pomáhá zvyšovat stabilitu RNA molekul proti ribonukleázové aktivitě exonukleáz. Za druhé, poly A ocas hraje roli při iniciaci překladu prostřednictvím podpory připojení ribozomu k mRNA. V případě příprav NGS lze mRNA s poly A ocasem snadno použít pro zaměřenější analýzu genové exprese spolu s variacemi transkriptů, protože mohou být specificky obohaceny.

Příprava vzorků NGS

NGS pracovní postupy zahrnují přípravu RNA vzorků, které zahrnují následující kroky: reverzní transkripce, konstrukce cDNA a amplifikace. Je také běžné přidávat Poly A polymerázu během syntézy cDNA, aby se do konečných cDNA molekul zahrnul poly-A ocas. Tato modifikace je kritická pro amplifikaci knihovny a sekvenování, protože zvyšuje účinnost kroků zapojených do přípravy knihoven.

Aplikace v RNA-Seq

PAP je také velmi užitečný v aplikacích sekvenování RNA (RNA-Seq), protože umožňuje efektivnější obohacení pro poly A-ocáskové mRNA. To pomáhá zachytit jasnější obraz transkriptomu organismu, který je studován. Takové zlepšení může pomoci při určování diferencovaně exprimovaných genů, alternativních splicingových událostí nebo dokonce nekódujících RNA. Dále zahrnutí PAP do NGS příprav umožňuje získat slibnější data.

Přidání PAP do příprav NGS může výrazně zlepšit kvalitu a přesnost sekvenačních dat. Co je ještě důležitější, jak výzkum pokračuje, význam PAP pro umožnění vědcům zkoumat transkriptom zůstane zásadní.