Полимераза Poly A в подготовките за секвениране от ново поколение (NGS)

полиаполимераза(PAP) е ключова ензимна активност, която е отговорна за добавянето на поли-А опашка към 3’ края на РНК молекулите. Тази активност играе значителна роля в общата стабилност, транспорт и транслация на РНК. В рамките на NGS, обаче, PAP позволява добавянето на A олигомера към РНК пробите преди секвениране, така че да могат да бъдат получени данни с високо качество от различни източници на РНК.

Значението на добавянето на поли А опашка

Има много предимства, свързани с включването на поли А опашка в мРНК. Първо, A опашката помага за увеличаване на стабилността на РНК молекулите срещу активността на рибонуклеази от екзонуклеази. Второ, поли А опашката играе роля в инициирането на транслацията чрез насърчаване на прикрепването на рибозомите към мРНК. В случая на NGS подготовки, мРНК с поли А опашка може лесно да се използва за по-фокусирана анализа на генната експресия заедно с вариации в транскрипцията, тъй като те могат да бъдат специфично обогатени.

 Подготовка на проби за NGS

NGS работните потоци включват подготовката на РНК проби, които включват следните стъпки: обратна транскрипция, изграждане на CDNA и амплификация. Също така е обичайно да се добавя полиа A полимераза по време на синтеза на CDNA, за да се включи полиа A опашка в крайните молекули cDNA. Тази модификация е критична за амплификацията на библиотеките и секвенирането, тъй като увеличава ефективността на стъпките, свързани с подготовката на библиотеките.

Приложения в RNA-Seq

PAP също е много полезен в приложенията за секвениране на РНК (RNA-Seq), тъй като позволява по-ефективно обогатяване на мРНК с полиа A опашки. Това помага за улавяне на по-ясна картина на транскриптома на изследвания организъм. Така че, такова подобрение може да помогне за определяне на диференциално експресирани гени, алтернативни сплайсинг събития или дори некодиращи РНК. Освен това, включването на PAP в NGS подготовките позволява получаването на по-обещаващи данни.

Добавянето на PAP в подготовките за NGS може значително да подобри качеството и точността на данните от секвенирането. Какво е по-важно, тъй като изследванията продължават да напредват, значението на PAP за позволяване на учените да изследват транскриптома ще остане основно.